В 1990 году, не зависимо друг от друга, миссионеры из восточной Германии и Швейцарии, основали две общины новоапостольской церкви в Харькове.
В 1991 году общины были объединены в одну большую семью, под опекой окружного апостола Петера Дессимо из Швейцарии.
Поначалу община, не имела своего здания, потому богослужения проводились в тех помещениях, где была возможность собираться верующим братьям и сестрам. Среди этих зданий были и ДК «Металлист», и здание ЖЭКа и, даже, гостиница «Харьков».Первым церковным зданием новоапостольской общины города Харькова стал частный дом на улице Стахановской. Община росла, и вскоре возникла необходимость в
церковном здании, которое вмещало бы всех прихожан. Таким образом, в 1996 году у новоапостольской общины города Харькова появилось новое большое здание церкви на улице Сумской 51 «б». Много требовалось терпения и усилий, для того, чтобы из обычного жилого дома создать настоящий Божий дом, и уже в 1997 году окружной апостол Дессимо освятил церковное здание.
Шло время, и вместе с тем в Новоапостольской церкви города Харькова происходили изменения.
В 1998 году харьковская община, наряду со многими другими общинами, которые находись под опекой окружного апостола Дессимо (Швейцария), перешла под опеку окружного апостола Клауса Заура (Южная Германия). Таким образом, новоапостольские братья и сестры имели прекрасную возможность познакомиться с новыми миссионерами. Это были люди с крепкой верой и величайшей душой.
В 2006 году, после ухода на покой окружного апостола Заура, община была передана под опеку его преемнику окружному апостолу Эрих Михаэлю.
В 2009 году окружной старейшина Будник был возведен в сан апостола.
С появлением первого украинского апостола миссионерские поездки священнослужителей из других стран закончились. Теперь новоапостольские общины Украины (в т.ч. и города Харькова) обрели радость общения с апостолом, с которым не было языкового барьера, для того чтобы общаться со своими со своими братьями и сестрами по вере и даровать им свое благословение.
Сегодня харьковская община относится к округу Центр-Украина, находится под опекой окружного старейшины Пальм Ромена и окружного евангелиста Вилонджа Жуля.
Община города Харьков богата своими священнослужителями: 2 диакона, 3 священника и 1 евангелист. Община насчитывает более 100 новоапостольских прихожан,
самомуюному 3 года, а самому взрослому 87 лет.
Новоапостольские прихожане города Харькова переживают вместе много радостных моментов: богослужения, дни молодежи, репетиции хора, концерты органной музыки и многое другое.
