Корни Новоапостольской церкви лежат в XIX столетии. Около 1830 года в Англии и Шотландии группами и в одиночку молились об «излиянии Святого Духа». В свете «Evangelical Awakening», известного как «движение пробуждения» того времени, понималось возрождение христианской жизни внутри сообществ верующих, застывших в формализме. Возникло «апостольское» движение, оформившееся позже в церковные структуры, а именно после того как посредством людей, одаренных пророческим даром, между 1832 и 1835 годами были призваны двенадцать апостолов. Отличительной чертой возникшей так называемой Католико-апостольской церкви было то, что её возглавляли апостолы, которые посредством возложения рук передавали дар Святого Духа, с тем чтобы подготовить верующих к ожидаемому скорому Второму пришествию Христа.
Эти апостолы понимали свое поручение как послание ко всем христианам. Возникшее сообщество они понимали как дело спасения от предстоящего вскоре последнего суда. В 1837-м году церковным и светским правителям того времени был направлен документ, названный «Testimonium» (Свидетельство). Они ожидали, что значительная часть христианства примет их послание, направленное во время, определенное Богом, и разрабатывали церковные структуры и формы богослужений, которые должны были обо всем этом позаботиться.
Даже тогда, когда ожидаемого отклика не последовало, они чувствовали себя ответственными за то, чтобы вступаться за всех христиан в заступнических молитвах. Разногласия возникли с появлением вопроса о пополнении сократившегося круга апостолов — сначала до десяти, а уже к 1863 году до шести человек. Вместо пополнения было решено изменить видение будущего. Впредь они надеялись на скорое восхи́щение уже собранной ими общины. От ожидания сильного «излияния Духа» они не отказались, но перенесли его на время после упомянутого восхи́щения.
Среди апостолов имелись те, которые сопротивлялись отмене первоначальной надежды на великое дело. После того как попытки пополнения круга апостолов окончились неудачей, а также ввиду изменения основополагающей концепции о роли апостольского сана в приготовлении верующих ко Второму пришествию Христа, в 1863 году гамбургская община отделилась от апостолов Католико-апостольской церкви. Объявление об отлучении от Католико-апостольской церкви руководителя гамбургской общины Фридриха Вильгельма Швартца 27 января 1863 года считается днем рождения Новоапостольской церкви.
Начиная с гамбургской общины с 1863 года новая группа апостолов начала свою деятельность. Уже в 1864 году в Амстердаме было основано маленькое голландское отделение «апостольского послания» к христианам. Гамбургская община выступала в зависимости от ситуации под различными названиями. В целях отличия от первых «апостольских общин» возникающие в последующие годы новые общины стали вскоре называть себя в ведомственной переписке «новоапостольскими общинами». К началу XX века церковь называлась «Новоапостольская община», а примерно с 1930-го года «Новоапостольская церковь».
