У 1990 році, незалежно один від одного, місіонери зі східної Німеччини та Швейцарії заснували дві громади Новоапостольської церкви у Харкові.

Першим церковним приміщенням новоапостольської громади міста Харкова був приватний будинок на вулиці Стахановській. Громада все більше зростала, і згодом виникла

гостра потреба у зведенні церковного храму, який міг би вмістити всіх парафіян. Таким чином, у 1996 році в новоапостольської громади міста Харкова з’явилося нове просторе приміщення на вулиці Сумській 51 «б». Знадобилося багато терпіння і зусиль для того, аби звичайний житловий будинок перетворити у справній Божій дім, і вже в 1997 році окружний апостол Дессімо освятив цю церковну споруду. Ішов час, і а разом з ним в Новоапостольській церкві міста Харкова відбувалися зміни.

 У 1998 році харківська громада, як і багато інших, які перебували під опікою окружного апостола Дессімо (Швейцарія), перейшла під опіку окружного апостола Клауса Заура (Регіональна церква «Південна Німеччина»). Таким чином, місцеві новоапостольські брати й сестри отримали чудову можливість познайомитися з новими місіонерами. Це були люди з міцною вірою і щирою душею.

У 2006 році після виходу на пенсію окружного апостола Заура громада перейшла під опіку його наступника, окружного апостола Міхаеля Еріха.

У 2009 році окружного старійшину Будника звели у сан апостола. З появою першого українського апостола місіонерські поїздки священнослужителів з інших країн припинилися. Тепер новоапостольські громади України (у т.ч. і міста Харкова) мали можливість без жодного мовного бар’єру спілкуватися з українським апостолом. Для спілкування з братами й сестрами по вірі й передачі їм благословення йому не потрібен перекладач.

Сьогодні харківська громада належить до округу Україна-Центр і перебуває під опікою окружного старійшини Ромена Пальм й окружного євангеліста Жуля Вілонджі.

Громада міста Харкова багата своїми священнослужителями: 2 диякони, 3 священики і 1 євангеліст. Громада нараховує понад 100 новоапостольських парафіян, наймолодшому — 3 роки, найстаршому — 87 років.

Новоапостольські парафіяни міста Харкова переживають спільно чимало радісних моментів: богослужіння, дні молоді, репетиції хору, концерти органної музики та багато чого іншого. Харківська громада Новоапостольської церкви завжди рада кожному новому гостеві! Богослужіння в Новоапостольській церкві міста Харкова проходять за адресою: вул. Сумська 51 «б», щосереди о 18:00 та щонеділі о 10:00, а з вересня 2015 року вона відкриває двері недільної школи для найменших гостей.